Ректор Воронежской духовной семинарии

В конце января 1913 года прибыл в Воронеж. Одновременно со вступлением в должность ректора принял обязанности главного редактора Воронежских епархиальных ведомостей.

Беспокойное положение сохранялось в церковной школе. Все дела требовали пересмотра, состояние казны было плачевным, имелись серьёзные недостатки в дисциплине воспитанников, частыми были срывы занятий, нарекания на семинаристов со стороны церковных и гражданских властей и местного населения. Архимандрит Серафим ревностно взялся за свое дело. Он ввел в практику постоянное личное общение с учащимися, беседовал с каждым семинаристом наедине, особенно много внимания уделял " неблагонадежным", и из дверей его кабинета они выходили переродившимися, примирившимися с собой и окружающими. Своим личным авторитетом, подвижничеством и бесстрашием новый ректор сумел погасить страсти и привлечь к себе сердца своих учеников.

28 апреля / 11 мая 1913 года на заседании Братства святителей Митрофана и Тихона под председательством временно управляющего Воронежской епархией епископа Острогожского Владимира (Шимковича) архимандрит Серафим (Соболев) избран членом совета и ревизионной комиссии братства святителей Воронежских[7].

Архимандрит Серафим делал всё возможное для улучшения материальной жизни семинарии, в чём встретил

постоянную поддержку и благословение правящего владыки, архиепископа Воронежского Тихона (Никанорова). В мае 1913 года создал и затем возглавил Иоанно-Богословское братство вспомоществования

бедным семинаристам.

Ректор семинарии старался поддерживать в духовной школе почитание истинных образцов святости. Так, 26 августа / 9 сентября 1914 года, он участвовал в обретении и освидетельствовании нетленных мощей архиеп. Воронежского Антония (Смирницкого) и активно работал в комиссии по подготовке канонизации святителя Антония. Особенное внимание архимандрит Серафим уделял семинарской библиотеке, которая его усилиями превратилась в одну из лучших семинарских библиотек России.

В мае 1916 года правление Воронежской семинарии сообщало об увеличении числа параллелей (отделений) в 4-м классе в связи с большим увеличением числа воспитанников. Из семинарии перестали бежать, в неё начали стремиться.

В 1917 году в Воронеже установилась большевистская власть, начались гонения на православное духовенство. 31 марта 1918 года " Вестник Церковного единения" опубликовал следующее сообщение:

" Ректор Воронежской духовной семинарии архимандрит Серафим уехал в отпуск в Задонский монастырь на четыре месяца, поскольку здание семинарии занято красноармейцами и занятий практически нет ".

Пребывая в Задонском монастыре, ректор духовной семинарии посетил почитаемого старца иеросхимонаха Аарона, который благословил его окормлять паству в эмиграции.

В августе 1918 года семинария была закрыта новыми властями, несмотря на протесты ректора, преподавателей, воспитанников, общественности. Архимандрит Серафим и часть прихожан Иоанно-Богословского семинарского храма направили жалобу по поводу её закрытия в Облисполком. В жалобе они писали, что в семинарии " имеется ценная библиотека с редкими книгами общего и религиозного содержания, за сохранность которых поручиться нельзя... а требование об очищении храма, в котором постоянно совершается богослужение, противоречит декрету народных комиссаров о свободе совести и недопустимо с точки зрения церковного законодательства", но ответа не получили, семинария и церковь в ней были закрыты, библиотеку передали отделу народного образования, храмовую утварь и остальное имущество реквизировали.

В октябре 1919 года, когда город окончательно перешел в руки большевиков, на последнем поезде из Воронежа на юг, в открытом вагоне нагруженном углем, архимандрит Серафим уехал в Екатеринодар, где был назначен ректором семинарии, но вскоре был вынужден переехать в Симферополь, где был назначен ректором Таврической духовной семинарии.