Итак, раскол стоит за старину, но старину недавнюю, свою. Что было столетия назад, до того, ему нет дела.

Реформы, проводимые Никоном, порождали смуту в обществе, вызывали противодействие Никону. Его крутой нрав создавал ему много противников. Произошел у него разрыв и с царем. Патриарх вторгался в дела государства, возмечтал даже стать выше царя и полностью подчинить его своей воле. Алексей Михайлович стал тяготиться своим «собинным другом», охладел к нему. Началось все вроде бы с мелочей. В 1658 г., во время очередного праздника, царский окольничий, прокладывая, по обычаю, дорогу для государя, ударил палкой патриаршего человека. Тот начал возмущаться, называя себя «патриаршим боярским сыном», и тут же получил еще один удар палкой. Никон, узнав об этом случае, пришел в крайнее негодование и потребовал у Алексея Михайловича расследования и наказания виновного боярина. Но расследование не было начато, а виновный остался безнаказанным. Затем, Никон получил письмо от царя, в котором государь запрещал ему впредь именоваться великим государем. Видя изменившееся отношение к себе государя, Никон задумал воздействовать на царя угрозой, что ему раньше удавалось. Он решил публично отречься от патриаршества, рассчитывая на то, что царь будет тронут его отречением и станет упрашивать не покидать первосвятительский престол. Это стало бы хорошим поводом восстановить и усилить свое влияние на царя.

На торжественной литургии в Успенском соборе в Кремле 10 июля 1658 г. он объявил с амвона, обращаясь к духовенству и народу: «От лени я окоростовел, и вы окоростовели от меня. От сего времени не буду вам патриарх; если же помыслю быть патриархом, то буду анафема». Тут же на амвоне Никон снял с себя архиерейское облачение, надел черную мантию и монашеский клобук, взял простую клюку и вышел из собора.

Сразу после отречения Никона от патриаршества царь Алексей Михайлович указал переписать всю домовую и келейную патриаршую казну " после великого господина, бывшего патриарха Никона", т. е. все имущество, принадлежавшее как патриаршему дому, или кафедре, так и лично, или келейно, патриарху Никону (такая перепись делалась и прежде - после патриархов Филарета Никитича, Иоасафа и Иосифа).

Внимание и милость Алексея Михайловича к бывшему патриарху простерлись еще далее. Царь оставил за Никоном все три монастыря его строения: Крестный, Иверский и Воскресенский со всеми приписанными к ним четырнадцатью монастырями и со всеми их вотчинами. Таким образом, Никону оставлена была довольно значительная область, церковная и владельческая, в которой он мог самостоятельно действовать как иерарх и как владелец. Он независимо правил всеми этими монастырями, церквами и вотчинами, творил в них суд и расправу, сам посвящал для них священников, диаконов, причетников, а для монастырей сам ставил и настоятелей и другие власти и по своему усмотрению распоряжался всеми доходами с монастырских вотчин и угодий. К этим доходам прибавлялось еще ежегодно по две тысячи рублей, которые высылал царь за взятые им у Воскресенского монастыря камские соляные варницы. Но еще в то же лето, когда Никон оставил свою кафедру, один из близких к нему бояр, Никита Алексеевич Зюзин, много раз, как сам свидетельствует, посылал к нему дьяка Федора Торопова со словами: " Что, государь, оставил престол свой? Оставь свое упорство и возвратись". И Никон каждый раз через того же дьяка присылал ответ: " Будет-де тому время, возвращусь". Значит, перед близкими своими он вовсе не скрывал, что имеет желание и надежду возвратиться на свою кафедру. Он только не хотел сам проситься, а ожидал времени, когда его позовут, и он возвратится с честью.

Примириться со своим новым положением в качестве только монастырского обитателя он, разумеется, не мог. Никон попытался снова вернуться к патриаршей власти. Однажды ночью он внезапно приехал в Москву в Успенский собор во время богослужения и послал уведомить царя о своем приезде. Но царь к нему не вышел. Раздосадованный Никон вернулся в монастырь.

Бегство Никона с патриаршего престола внесло новое расстройство в церковную жизнь. Царь по этому случаю в 1660 г. созвал собор в Москве Собор решил избрать нового патриарха. Но Никон на этом соборе разразился бранью, обозвал его «бесовским сонмищем». Этот собор не дал конкретного результата. Церковь по-прежнему оставалась без первосвятителя.

Время междупатриаршества по оставлении Никоном патриаршей кафедры принадлежало к числу самых смутных времен, какие только известны в нашей церковной истории. Смуты и нестроения, происходившие тогда в Русской Церкви, были троякого рода: одни происходили преимущественно в Москве от бывшего патриарха Никона и из-за Никона; другие - в Киевской митрополии, едва только начавшей присоединяться к Московскому патриархату, но еще отстаивавшей свои прежние права; третьи - более или менее во всей Великой России от вновь появившегося русского раскола. Смуты и волнения, особенно первого и последнего рода, достигли такой степени, что для прекращения их и усмирения Русской Церкви потребовался большой Собор, какого ни прежде, ни после у нас не бывало.

На Соборе 1666г., состоявшемся в Москве, присутствовали два Восточных патриарха: Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий. Они не случайно прибыли в Россию для своих целей, а были нарочно приглашенные в Москву для Собора. И если не было здесь лично двух других Восточных патриархов, Константинопольского и Иерусалимского, зато находились от Константинопольского патриархата пять митрополитов: Никейский Григорий, Амасийский Козьма, Иконийский Афанасий, Трапезундский Филофей, Варнский Даниил и один архиепископ - Погонианский Даниил; а из Иерусалимского патриархата и Палестины - Газский митрополит Паисий и самостоятельный архиепископ Синайской горы Анания, и, кроме того, находились из Грузии митрополит Епифаний и из Сербии епископ Иоаким Дьякович. Всего же иностранных архиереев присутствовало на Соборе двенадцать, чего прежде никогда не бывало. Все семнадцать русских архипастырей принимали участие в Соборе, митрополиты: Новгородский Питирим, Казанский Лаврентий, Ростовский Иона, Сарский Павел, архиепископы: Вологодский Симон, Смоленский Филарет, Суздальский Стефан, Рязанский Илларион, Тверской Иоасаф, Астраханский Иосиф, Псковский Арсений; епископы: Вятский Александр и из Малороссии Черниговский Лазарь Баранович и Мстиславский Мефодий, блюститель Киевской митрополии; а вскоре к ним присоединились вновь избранный Московский патриарх Иоасаф II и архиереи двух новооткрытых епархий: Белогородский: митрополит Феодосий и Коломенский епископ Мисаил. Таким образом, на Московском Соборе 1666 - 1667 гг. присутствовали сначала два, потом три патриарха (Александрийский, Антиохийский и Московский), двенадцать митрополитов (5 русских и 7 иноземных), девять архиепископов (7 русских и 2 иноземных) и пять епископов (4 русских и 1 иноземный) - всего 29 иерархов (хотя, надобно заметить, не на всех заседаниях присутствовали все). В числе этих иерархов находились представители от всех главных самостоятельных церквей православного Востока, не говоря уже о множестве архимандритов, игуменов и других духовных лиц не только русских, но и иноземцев. Очень естественно, что такой Собор в сравнении со всеми прежними называется Большим Собором.

Особое значение он имел по отношению к тем Соборам, которые происходили в Москве в последние двенадцать лет и рассуждали то об исправлении церковных книг, то об оставлении Никоном патриаршей кафедры, то о появившемся в Церкви расколе. Все эти Соборы нашли для себя в Большом Соборе не только подкрепление, но и разъяснение, дополнение, как бы завершение. Он окончательно решил вопросы и о патриархе Никоне, и о новоисправленных при нем книгах, и о появившемся вследствие исправления книг расколе, а вместе решил и некоторые другие вопросы для исправления разных противоречий и недостатков в Русской Церкви, и для ее дальнейшего благоустройства.

Главная цель, для которой приглашены были в Москву Восточные патриархи, состояла в соборном суде над патриархом Никоном. Всего собраний Собора для суда над Никоном было восемь: три - предварительных, или подготовительных, четыре - посвященных самому суду над Никоном (два - суду заочному и два - суду в присутствии подсудимого) и одно - заключительное, на котором происходило только объявление и исполнение судебного приговора.

О соборном суде над Никоном сохранилась современная запись, составленная царскими дьяками: о первых заседаниях Собора только краткая, а о последующих и краткая и довольно подробная. Дополнениями к этой записи, и как бы пояснениями ее, могут служить, с одной стороны, сказания одного из присутствовавших на Соборе - Паисия Лигарида, хотя, к сожалению, о двух из первых заседаний он говорит смешанно, без соблюдения хронологии; а с другой - сказания дьяка Шушерина, который хотя и не присутствовал на Соборе, писал о нем только по слухам, спустя около пятнадцати лет, и не скрывает своего пристрастия к Никону, но также сообщает некоторые любопытные подробности. Сохранились еще некоторые подлинные документы, относящиеся к судебному делу Никона, и краткие современные сказания и заметки о нем.

Собор 1666 г. осудил Никона по правилам св. апостолов, лишил святительского сана, сделал простым монахом и сослал в Белозерский Ферапонтов монастырь. Никон был признан виновным по следующим обвинениям: а) " патриаршеского престола отрекся с клятвою и отошел без всякой правильной вины, сердитуя на великого государя"; б) " писал ко Вселенскому Константинопольскому патриарху Дионисию, что на Руси престало соединение с св. Восточною Церковию, и от благословения святейших Вселенских патриархов отлучились, и приложились к Западному Костелу, и тем святую православную (Русскую) Церковь обругал, и благочестивого государя царя и великого князя Алексея Михайловича, всея Великия, и Малыя, и Белыя России самодержца, и весь священный Собор, и всех православных христиан обесчестил, и назвал всех еретиками"; в) " истинных православных патриархов бесчестил, называл не патриархами и правила соборные Церкви называл ложными, и враками, и будто еретики их печатали"; г) " Коломенского епископа Павла без Собора, вопреки правил изверг, и обругал, и сослал в ссылку, и там его мучил, и он пропал безвестно - и то извержение вменится в убийство".

Объявив Никону его вины, патриархи, замечает современная запись, " велели ему идти на подворье и быть там до указу".

Приговор, произнесенный над Никоном, был только словесный и указывал лишь главные его вины. Необходимо было, чтобы приговор был изложен в письменном виде, с возможной полнотой определял виновность Никона и подписан был всеми членами Собора. И патриархи еще перед выходом с последнего заседания дали приказ написать соборный приговор этот на двух языках, греческом и русском. Когда приговор был написан по-гречески и по-русски, 12 декабря, состоялось восьмое, и последнее, собрание Собора. Все архиереи и прочие духовные особы собрались не в столовой избе государя, а в кельях патриархов, в Чудовом монастыре, куда переехали они с прежней своей квартиры, с Кирилловского подворья, еще 25 ноября. Царь уже не присутствовал на этом собрании. Патриархи послали позвать Никона, а сами со всеми духовными и светскими лицами отправились в церковь Благовещения Пресвятой Богородицы. Здесь все архиереи, уже одетые в мантии, возложили на себя епитрахили, омофоры и митры, а архимандриты и игумены облачились в свои священные одежды. Как только вошел Никон в церковь, сделал поклонение иконам и по обычаю присутствующим в церкви, патриархи, совершив со всем духовенством краткое молебствие, приказали читать соборный приговор, или " Объявление о низложении Никона". Сначала приговор прочитан был по-гречески пресвитером и экономом великой Церкви Антиохийской Иоанном, а потом прочитан был громогласно по-русски Рязанским архиепископом Иларионом. Слушая последнее чтение, Никон, замечает Лигарид, по временам ворчал и подсмеивался.

Собор 1666 – 1667 годов, осудив патриарха Никона, утвердил его реформы, в том числе реформу духовного суда.