Поражение ихэтуаней

Тем временем бои на севере Маньчжурии продолжались. Российские войска вновь предприняли наступление, заняв правый берег Амура и полностью очистив его не только от повстанцев, но и от всего китайского населения. 4 сентября того же года Российская империя начала оккупацию региона. 7 сентября Цыси, убедившись, что ихэтуани не в состоянии победить коалиционные войска, перешла на сторону союзных держав. Она издала указ, призывавший начать расправы с ихэтуанями по всей стране. 12 сентября в Тяньцзинь прибыл германский экспедиционный корпус, а в Шаньхайгуане высадились российские войска, которые с ходу взяли город. 30 сентября русские заняли Мукден.

Среди стран, входивших в коалицию, ещё до окончательного подавления восстания появились разногласия о будущем Китая. Так, 16 октября Великобритания и Германская империя подписали договор о предотвращении иностранной экспансии в Китай. Европейские государства и Япония, как только Цыси перешла на их сторону, начали предъявлять китайскому правительству ультиматумы, не согласуя их с другими державами коалиции. Под конец восстания интервенты начали оспаривать ультиматумы друг друга.

В октябре войска Российской империи полностью оккупировали Маньчжурию. С Цинским наместником в этом регионе был подписан договор о восстановлении гражданского правления и выводе всех китайских войск из Маньчжурии. Началось восстановление разрушенной КВЖД. 26 декабря Цыси пошла на уступки странам коалиции и начала вести переговоры о мирном урегулировании конфликта.

Во время ведения военных действий появились так называемые лжеихэтуани. Цыси считала таковыми тех, кто провоцировал столкновения повстанцев с китайскими войсками, грабил, сжигал дома. Одновременно оккупационные войска коалиции и европейцы, находившиеся в Китае, мародёрствовали в китайских поселениях. Были случаи беспричинных убийств коалиционными войсками гражданского населения

1 января 1901 года уцелевшие после подавления восстания ихэтуани проникли в Маньчжурию и объединились в «Армию честности и справедливости». Всего армия насчитывала 200 000 человек, её возглавил Ван Хэда. Вторым человеком после Ван Хэда стал Дун И. В мае того же года, после череды небольших столкновений, все ихэтуани в окрестностях Пекина были ликвидированы. Сопротивление в Маньчжурии продолжалось до января, партизанские бои шли в основном в провинциях Ляонин и Хэйлунцзян. В декабре 1901 года российской армии удалось полностью ликвидировать остатки «Армии честности и справедливости», что принято считать окончанием восстания. Сопротивление продолжалось в отдельных провинциях, где последние ихэтуани были ликвидированы только к концу 1902 года

В результате китайский народ и вся Цинская империя оказались в худшем положении, чем до восстания. Коалиционные силы навязали Китаю очередной неравноправный договор, названный «Заключительным протоколом» или «Боксёрским протоколом». Протокол был подписан ещё до окончания военных действий 7 сентября 1901 года. С одной стороны договор заключило Цинское правительство, с другой — США, Япония, Германская империя, Австро-Венгрия, Российская империя, Великобритания, Франция, Италия, Испания, Бельгияи Нидерланды.

Согласно Заключительному протоколу, Китай брал на себя следующие обязательства:

1. Послать в Германию специального посла с извинениями за убийство сотрудника германской дипломатической миссии фон Кеттелера. Также китайские власти должны были поставить фон Кеттелеру памятник.

2. Послать в Японию специального посла с такими же извинениями, но за убийство члена японской дипломатической миссии Сугиямы.

3. Казнить всех лидеров повстанцев.

4. Восстановить старые и поставить новые памятники на всех христианских кладбищах империи.

5. В течение 2 лет не ввозить в страну оружие и боеприпасы.

6. Уплатить контрибуцию в 450 000 000 лян серебра (из расчёта 1 лян — 1 житель Китая). 1 лян весил 37, 3 гр. и по обменному курсу равнялся примерно 2 рублям серебром. Россия получила 30 % репараций, Германия — 20 %, США — 7 %, оставшаяся сумма была разделена между остальными государствами-членами коалиции. Выплаты должны были быть произведены до 1939 года, при этом они увеличивались на 4 % каждый год, и к началу Второй мировой составили 982 238 150 лян. США получили больше, чем изначально требовали, и под давлением Лян Чэна вложили разницу в фонд помощи китайским студентам. Советская Россия в качестве жеста доброй воли отказалась от получения остатка контрибуции в ноте от 25 июля 1919 года (после победы над Колчаком)

7. Допустить постоянную военную охрану в Посольский квартал и во все важнейшие учреждения страны. Также в Китае постоянно находились иностранные войска.

8. Срыть форты в Дагу.

9. Странам-победительницам предоставлялось право возвести 12 опорных точек на пути от Пекина к морю.

10. Запрещались все общественные организации религиозного толка и направленные против иностранцев.

11. Китайским властям запрещался сбор налогов.

В 1902 году Россия и Китай подписали ещё один договор, по которому российские войска должны были покинуть Маньчжурию, а Цинская империя обязывалась соблюдать определённые условия в регионе, выдвинутые российской стороной. Согласно русско-китайской конвенции от 1898 года Российская империя взяла в аренду на 25 лет Порт-Артур вместе с прилегающим Ляодунским полуостровом и получила право пользования КВЖД, проходящей по маньчжурской территории.

Вслед за восстанием последовала реакция китайского правительства, которое с 1901 по 1908 год провело новую череду реформ, сходную со «ста днями реформ». Серьёзным изменениям подверглись военная сфера, сферы образования и управления империей. В долгосрочной перспективе новый раздел Китая на «сферы влияния» послужил причиной нового витка соперничества в Азии. В рамках этого соперничества произошла Русско-японская война, а позже — экспансия Японской империи в Маньчжурии, Корее и на севере Китая, приведшая к многочисленным конфликтам в Китае, Монголии и на советской границе. В результате в Маньчжурии возникло марионеточное государство Маньчжоу-Го, ликвидированное только в конце Второй мировой войны.