Главная страница Случайная страница
КАТЕГОРИИ:
АвтомобилиАстрономияБиологияГеографияДом и садДругие языкиДругоеИнформатикаИсторияКультураЛитератураЛогикаМатематикаМедицинаМеталлургияМеханикаОбразованиеОхрана трудаПедагогикаПолитикаПравоПсихологияРелигияРиторикаСоциологияСпортСтроительствоТехнологияТуризмФизикаФилософияФинансыХимияЧерчениеЭкологияЭкономикаЭлектроника
Эффективность расщепления коротких последовательностей ДНК некоторыми распространенными рестриктазами
|
|
| Рестриктаза | Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции | Длина цепи, нт | Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение | |
| 2 ч | 20 ч | |||
| BamH I | C GGATCC G CG GGATCC CG CGC GGATCC CGC | > 90 > 90 | > 90 > 90 | |
| Bgl II | C AGATCT G GA AGATCT TC GGA AGATCT TCC | > 90 > 90 | ||
| Cla I | C ATCGAT T G ATCGAT C CC ATCGAT GG CCC ATCGAT GGG | > 90 | > 90 | |
| EcoR I | G GAATTC C CG GAATTC CG CCG GAATTC CGG | > 90 > 90 > 90 | > 90 > 90 > 90 | |
| Hind III | C AAGCTT G CC AAGCTT GG CCC AAGCTT GGG | |||
| Nhe I | G GCTAGC C CG GCTAGC CG CTA GCTAGC TAG | |||
| Pst I | G CTGCAG C TGCA CTGCAG TGCA |
Таблица II.1 (окончание)
| Рестриктаза | Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции | Длина цепи, нт | Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение | |
| 2 ч | 20 ч | |||
| Pvu I | C CGATCG G AT CGATCG AT TCG CGATCG CGA | |||
| Sac I | C GAGCTC G | |||
| Sac II | G CCGCGG C TCC CCGCGG GGA | > 90 | ||
| Sma I | CCCGGG C CCCGGG G CC CCCGGG GG TCC CCCGGG GGA | > 90 | ||
| Spe I | G ACTAGT C GG ACTAGT CC CGG ACTAGT CCG CTAG ACTAGT CTAG | > 90 > 90 | ||
| Sph I | G GCATGC C CAT GCATGC ATG ACAT GCATGC ATGT | |||
| Xba I | C TCTAGA G GC TCTAGA GC TGC TCTAGA GCA CTAG TCTAGA CTAG | > 90 | > 90 > 90 > 90 | |
| Xho I | C CTCGAG G CC CTCGAG GG CCG CTCGAG CGG | |||
| Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции. |
ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например Bcl I, Mbo I или Cla I), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoR II, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях CMeCAGG и CMeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam- и dcm-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.