В игре Mass Effect 2

Во вступлении к Mass effect 2, Нормандия патрулирует Туманность Омеги в поисках гетов вблизи планеты Алкера. Внезапно появляется неопознанный корабль, который ложится на курс Нормандии и начинает наводить на нее оружие, несмотря на то, что все системы маскировки корабля были включены. Преследователь выпускает по Нормандии смертоносный луч, который без труда уничтожает все ее защитные системы. Часть экипажа, в том числе и штурман Пресли, погибают во время атаки, другим удается эвакуироваться с помощью спасательных капсул. Капитан Шепард остается на гибнущей Нормандии, чтобы спасти Джокера, который отчаянно борется за спасение корабля. Шепард помогает ему добраться до последней спасательной капсулы в тот самый момент, когда последний залп неизвестного преследователя уничтожает его корабль. Джокер успевает забраться в капсулу, а Шепарда взрывной волной откидывает в космос, где он вместе с обломками Нормандии падает на планету Алкера.

В течение следующих двух лет, тело и разум капитана Шепарда были восстановлены в ходе проекта Лазарь, который проводила прочеловеческая теневая организация " Цербер" (о том кто и как нашел тело Шепарда читайте в комиксе Mass Effect Redemption). Они подбирают Шепарду новую команду и новый корабль, созданный по чертежам Нормандии СР-1, но превосходящий ее по размерам. Шепард и Джокер решают назвать новый корабль Нормандия СР-2 в честь погибшей Нормандии.

Новая Нормандия почти в два раза больше первой и имеет 5 палуб (по сравнению с тремя у СР-1). Если спросить СУЗи, как Цербер получил секретные чертежи Нормандии СР-1 для создания Нормандии СР-2, то выясняется, что Цербер использовал свое влияние в Альянсе, чтобы подтолкнуть его к решению о постройке СР-1. В ходе этого строительства Цербер получил все секреты передовой турианской технологии, которые были использованы при строительстве корабля.

На протяжении событий Mass Effect 2, капитан Шепард использует новую Нормандию, чтобы собрать команду лучших военных, ученых, биотиков, которые смогут противостоять Коллекционерам и положить конец массовым похищениям людей по всей галактике.