Опала и извержение из священства.

В 1660 году на созванном в Москве Соборе было постановлено лишить Никона архиерейства и даже священства; однако суд не состоялся, так как дело было решено передать на суд восточных патриархов, по совету никоновского монаха-справщика Епифания Славинецкого и архимандрита Полоцкого Богоявленского монастыря Игнатия Иевлевича. Такое же решение вопроса рекомендовал царю впоследствии и бывший епископ Иерусалимской церкви Паисий Лигарид^[11], который не принимал явного участия в Соборе, хотя был приглашён патриархами к тайному совещанию и выступал в роли переводчика для восточных патриархов.

Приглашённые ещё в 1662 году патриархи долгое время не находили возможным прибыть в Москву. Наконец, в ноябре 1666 года открылся поместный собор Русской церкви — Большой Московский собор с участием двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Оба патриарха на тот момент считались в Константинополе лишёнными кафедр решением Собора в Константинополе (в вину им было вменено долгое отсутствие в своих патриархиях, которое произошло из-за просьбы русского царя Алексея Михайловича посетить Россию и принять участие в Большом Московском соборе), но в Москве известие о том получили уже после суда над Никоном. Кроме того, позднее, по просьбе русского царя Константинопольский патриарх свои решения о лишении кафедр Александрийского и Антиохийского патриархов отменил.

Идеологическая база и документы Соборов 1666—1667 годов, важнейшим предметом рассмотрения которых было окончательное обсуждение неприемлемых для сторонников «старой веры» «никонианских» богослужебных реформ, разрабатывались учёным монахом «латинского» толкаСимеоном Полоцким, Паисием Лигаридом и архимандритом Афонского Иверского монастыря Дионисием, проживавшим в Москве с 1655 по1669 год.

12 декабря 1666 года состоялось третье, заключительное по делу Никона, заседание Собора в Благовещенской церкви Чудова монастыря.

В грамоте, подписанной всеми архиереями Русской поместной церкви Большого Московского собора, а также иерархами (патриархами, митрополитами, архиепископами, епископами) греческих поместных церквей от 12 декабря, указаны преступления, из-за которых Никон извержен из патриаршества и священства судом поместного собора Русской церкви:

1. Никон досадил (обидел) царя, когда оставил паству и удалился в Воскресенский монастырь, лишь по причине, что царский чиновник ударил слугу патриарха.

2. Никон не смирился и не стал каяться, а совершал хиротонии в новом месте, строил новые монастыри, которые назвал «неподобающими словами и суетными именованиями»: Новым Иерусалимом, Голгофою, Вифлеемом, Иорданом, тем самым он ругался божественным и глумился святым, прославляя себя патриархом Нового Иерусалима, похищая разбойнически, и если была бы у него сила, то отнял бы и третью часть царства.

3. Анафематствовал патриархов Паисия и Макария, приехавших его судить, назвав их Анною и Каиафою, а царских послов, которые к нему были посланы, чтобы вызвать его на суд, назвал Пилатом и Иродом.

4. Никон написал личные письма патриархам, в которых писал про царя Алексея, что царь «латиномудренник, мучитель и обидник, Иеровоам и Озия» и то, что Российская церковь в латинские догматы впала, больше всего обвиняя в этом Паисия Лигарида.

5. Никон без соборного рассмотрения сам лично лишил епископа Павла Коломенского сана, свирепея, стащил с Павла мантию, и того «в язвы и наказания предаде тяжчашие», отчего Павел лишился ума и бедный погиб: или был растерзан зверями, или в реку упал и погиб.

6. Своего духовного отца Никон два года немилостиво бил и ему наносил язвы, после чего патриархи сами видели духовника Никона «всеконечно расслабленным».

За эти преступления Никон был извержен из священства: не только патриаршего достоинства, но из епископского сана и стал простым монахом.

Монах Никон после соборного суда и извержения был сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь; после смерти Алексея Михайловича был переведён под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь.

После смерти царя Алексея Михайловича престол перешёл к его сыну Фёдору Алексеевичу, который сочувствовал Никону. Есть сведения, что новый царь обдумывал предложенный Симеоном Полоцким план по созданию на территории Российского царства четырёх патриархий^[12][13] и папского престола, предназначавшегося для Никона. В 1681 году тому, уже тяжело больному, было разрешено вернуться в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, на пути к которому он скончался 17 августа в Николо-Тропинском приходе напротив Ярославля, в устье реки Которосли.

Царь Фёдор Алексеевич настоял на отпевании Никона как патриарха, несмотря на протесты патриарха Московского Иоакима, который отказался отпевать и поминать Никона как патриарха.

Был погребён в северном приделе (Усекновения главы Иоанна Предтечи) собора Воскресенского Новоиерусалимского монастыря; Фёдор Алексеевич сам со слезами читал над ним Апостол и 17‑ ю кафизму и неоднократно целовал его десницу.

В 1682 году Фёдор Алексеевич, невзирая на сопротивление патриарха Иоакима и значительные издержки^[14], исходатайствовал у восточных патриархов разрешительные грамоты. В них повелевалось причислить Никона к лику патриархов и поминать в таком звании открыто. Патриарх Иоаким отказался отпевать и поминать Никона как патриарха на основании того, что решение поместного собора Русской церкви — Большого Московского собора и соборного суда, бывшего на этом поместном соборе, извергшего Никона из священства за явные преступления, считал справедливым и правильным, и согласно Святым Правилам Православной церкви иерарх, не принадлежащей к Русской поместной церкви, не имеет никакого юридического права и никакой канонической власти отменять решение суда поместного собора Русской церкви^[15].

В дальнейшем, в синодальный период, под влиянием цензуры, документы, касающееся заседаний Большого Московского собора — суда над Никоном (соборное определение о преступлениях Никона и соборная грамота о извержении из священства Никона), не печатали в составе официально издававшихся документов «Деяния Великого Московского Собора 1666-67 года.»^[16]

В 2013 году гробница патриарха Никона была вскрыта археологами, но был обнаружен только пустой саркофаг — гробница ранее подверглась разграблению^[17].