Ниже рассматриваются отдельные технологические операции таможенного оформления и контроля на погранпереходах.

- Подача уведомления о намерении ввоза/вывоза применяется только в грузовом сообщении.

После проверки документов должностное лицо таможенного органа принимает одно или несколько из следующих решений.

В грузовом сообщении: выпустить транспортное средство; выпустить транспортное средство после его осмотра и сличения наложенных таможенных обеспечении с указанными в документах; выпустить транспортное средство после проведения таможенного досмотра; отказать в пропуске транспортного средства.

Оформление ручной клади и багажа транспортных служащих производится так же, как и при оформлении пассажирского транспорта.

В пассажирском сообщении: выпустить транспортное средство и пассажиров после внешнего осмотра автомобиля, ручной клади и багажа пассажиров; произвести таможенное оформление ручной клади и багажа пассажиров и водителя в таможенном зале; осуществить досмотр транспортного средства; осуществить досмотр ручной клади и багажа пассажиров.

Для досмотра товаров на погранпереходах оборудуются специальные места — досмотровые склады, оснащенные необходимой погрузочно-разгрузочной техникой, приборами, оборудованием и инструментами.

В случае невозможности оборудования мест досмотра товаров непосредственно на автопереходе досмотр товаров организуется на ближайших приграничных складах временного хранения.

Досмотр автотранспортных средств — технически сложная операция, требующая специальной профессиональной подготовки, знания конструктивных особенностей транспортных средств и владения профессиональным инструментом и техническими приемами автомеханика. Досмотр автотранспорта производится, как правило, непосредственно в режимной зоне автоперехода в досмотровых боксах, оснащенных досмотровыми ямами или подъемниками.

Товары, перемещаемые в ручной клади и багаже, могут оформляться и контролироваться: непосредственно при нахождении на транспортном средстве; с выгрузкой на перрон; в таможенных залах автопереходов.

Таможенные залы автопереходов оборудуются в зданиях автопереходов для производства углубленного пограничного и таможенного оформления и контроля лиц, следующих через государственную границу, и перемещаемых этими лицами товаров.

Таможенное оформление ввозимого автомобиля (легкового или грузового) своим ходом для дальнейшей его эксплуатации или продажи на таможенной территории имеет свои особенности.

При этом ручная кладь и багаж следующих на автомобиле лиц оформляются как и для иных лиц (пассажиров, туристов, водителей), а сам автомобиль — и как транспортное средство, и как товар.

Если автомобиль не заявляется для помещения его под какой-либо таможенный режим непосредственно в пограничной таможне на автопереходе, то он направляется по процедуре внутреннего таможенного транзита в таможню назначения.

17 июня 2012 года на территории Таможенного союза вводится обязательное предварительное информирование о товарах, ввозимых на таможенную территорию Таможенного союза автомобильным видом транспорта, что предусмотрено решением Комиссии Таможенного союза от 09.12.2011 № 899 «О введении обязательного предварительного информирования о товарах, ввозимых на таможенную территорию Таможенного союза автомобильным транспортом».