Історія та сучасні принципи номенклатури та класифікації вірусів рослин.

Поняття нових некласифікованих вірусів. Спільні та відмінні риси щодо інших класифікацій фітопатології.

В 1966 році був створений Комітет по номенклатурі вірусів. В 1973 році його перейменували в Міжнародний комітет по таксономії вірусів МКТВ (International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV). Завдання даного комітету є підготовка та видавництво праць по удосконаленню 12 таксономії та номенклатурі вірусів. Правила що встановлює ця організація є обов’язковими для всіх наукових публікацій в міжнародних журналах. Існувало багато варіантів класифікацій вірусів взагалі, наприклад класифікації по Брауну, Метьюзу, Балтімору. На даний час однією із нових являється класифікація по Франкі (1991). На останньому засіданні виконавчого комітету МКТВ було затверджено універсальну таксономічну систему яка представлена 3 порядками, 64 родинами і 233 роди (втому числі 24 “плаваючих” роди, що не ввійшли ні водну родину) вірусів тварин, рослин та мікроорганізмів. Система містить сотні поки що некласифікованих вірусів в зв’язку з відсутності даних про їх властивості. Всі віруси належать до царства – Vira. Це царство розподіляється на РНК та ДНК вмістні віруси. Надалі віруси розподіляються на одно та дволанцюгові по структурі нукленової кислоти, або від заряду таких – негативний геном чи позитивний. Також іде розподілення по морфології – нитковидні, видовжені чи ізометричні. Але також слід замітити, що до одних і тих же груп можуть відноситись віруси, що реплікуються через фермент полімеразу (+РНК або ДНК віруси), або через реверстранскриптазу (-РНК чи ДНК віруси). Більшість вірусів, як відомо, складаються із нуклеїнової кислоти та білкового капсиду, що її вкриває, але є розподілення також на такі, що мають суперкапсид. Деякі віруси мають свій геном в одній часточці (моногеномні), але існують і такі, що мають свій геном в багатьох частках вірусів (мультигеномні). Він розподіляється на дві, три рідше на чотири часточки. Інші характеристики в класифікації вірусів включають в себе симетрію спіралі у ізометричних вірусів, розміри вірусів, а також інші фізичні, хімічні та біологічні властивості. Порядок вірусів є зібрання родин з загальними характеристиками, що відрізняються від інших порядків та родин. Він позначається іменуванням з суфіксом –virales. Віруси рослин об’єднані в три порядка: Caudovirales, що включає родини Myoviridae, Siphoviridae, Podoviridae; порядок Mononegavirales включає в себе Paramyxoviridae, Phabdoviridae, Bornaviridae і Filoviridаe; порядок Nidovirales який включає роди Coronaviridae і Alteriviridae. Родини, підродини об’єднують роди вірусів з загальними характеристиками, що відрізняються від властивостей інших родин. Вони позначаються суфіксом –viridae. Більшість родин відрізняються від інших морфологією віріона, структурою геному, або стратегією реплікації. Роди вірусів представляють собою групу вірусів, що мають загальні характеристики, які мають загальні характеристики і відрізняються від вірусів інших родів. Вони позначаються суфіксом –virus. Вид вирусів. Видовий таксон є найбільш важливою одиницею в системі класифікації. Визначення виду вірусу “Вірусний вид є політипічною 13 категорією, що складає схожу лінію реплікації і займає особливу екологічну нішу”. Члени цього класу визначаються більше ніж по одному признаку. Фітовірусологи вважають, що концепція видів для фітовірусів являється не досить досконалою. В основному із-за механізму розмноження – на відміну від багатьох інших груп організмів. Практично кожного тижня у світі стає відомо про нові і нові віруси, серед яких вагоме місце займають фітовіруси. Такі віруси мусять бути класифіковані і віднесені до певної вірусної групи. Певний час досліджує мі віруси являються не класифікованими і досконально вивчаються. Не слід забувати, про високий рівень штамоспецифічності серед вірусів. Нерідко нові віруси можуть являти собою якийсь окремий ізолят вже відомого вірусу. В даний час для таксономічних цілей використовується багато характеристик вірусів: морфологія (розмір, форма віріона, наявність оболонки, структура капсиду), фізико-хімічні властивості (молекулярна маса, коефіцієнт седиментації, стійкість до розчинників), тип геномної НК, розмір генома в тисячах пар основ, кількість ниток НК, лінійність або кільцевидність, нуклеотидну послідовність, співвідношення Г+Ц, властивості білків (кількість, розмір та функціональна активність структурних білків, наявність ферментів, амінокислотна послідовність). Більшість фітовірусів мають назву, що походить від зовнішніх симптом захворювання, що вони викликають. Віруси рослин угруповані на відміну від інших вірусів у групи. Назва вірусологічних груп походить як правило від першого хазяїну, де їх було виявлено. Наприклад, вірус викликаючий мозаїчне захворювання тютюну – названий вірус тютюнової мозаїки (ВТМ) (tobacco mosaic virus), а вірусологічна група таких вірусів названа – Тобамовірус, вірус, що викликає бронзовість томатів – tomato sрotted wilt virus – Тосповірус, і т.д. Конгресом було вирішено забороняти давати фітовірусам офіціальні назви, але віруси досі називають по-різному, нерідко по-місцевому, в основному на англійській мові. Такі назви часто включають імена або основну рослину, на якій його вперше було виявлено. Як уже зазначалося найбільш направляючими дослідженнями по класифікації вірусів являються сіквенс нуклеотидів. Такі дослідження дають змогу уявити про дійсний еволюційний зв’язок серед царства Vira.