Последствия. Чтобы устранить из ВЧК левых эсеров Совнарком постановил распустить коллегию ВЧК, назначив новым председателем ВКС Якова Петерса

Чтобы устранить из ВЧК левых эсеров Совнарком постановил распустить коллегию ВЧК, назначив новым председателем ВКС Якова Петерса, который сформировал новую коллегию ВЧК уже исключительно из коммунистов. Ввиду того, что убийство Мирбаха было совершено с бумагами от имени Дзержинского, он был на некоторое время отстранён от должности председателя ВЧК.

Сразу же после событий в Москве местным органам ВЧК были даны указания разоружить боевые дружины левых эсеров в Петрограде, Витебске, Владимире, Орше и других городах.

Исследователь Ричард Пайпс характеризует левоэсеровский план восстания, как «целиком лишённый реализма»: во-первых, план вообще не предполагал свержения власти большевиков, предполагая вместо этого лишь заставить их отказаться от «оппортунизма»; и, во-вторых, план «строился на допущении, что немцы под влиянием момента откажутся от стратегических преимуществ, предоставленных им Брестским договором, и забудут об общих интересах, связывающих Берлин и Москву». По оценке непосредственно подавлявшего мятеж Вацетиса, «левоэсеровские вожди пропустили момент для решительных действий», а взятый левыми эсерами в заложники председатель Моссовета Смидович впоследствии показал следственной комиссии, что «люди эти не управляли ходом событий, а логика событий захватила их, и они не отдавали себе отчета в том, что они сделали. Ни системы, ни плана у них не было».

Убийство Мирбаха послужило поводом для ареста руководства партии левых эсеров. Левоэсеровские делегаты Съезда Советов не были допущены к дальнейшим заседаниям съезда.

Уже находясь под арестом в Кремле, лидер левых эсеров Мария Спиридонова пишет открытое письмо «Центральному комитету партии большевиков», содержавшее множество обвинений в репрессиях и «надувательстве трудящихся». Вместе с тем, она и в этом письме продолжает высказывать поддержку и Октябрьской революции, и роспуску Учредительного собрания («и вот уже начались контрреволюционные лозунги, в волнениях уже поднимается учредилка, уже приходит этот ужас буржуазно-демократической республики»), а умеренных социалистов (меньшевиков и правых эсеров) именует «социал-предателями».

Подавление половинчатого мятежа левых эсеров приводит к окончательному переходу России к однопартийному коммунистическому правительству на ближайшие 73 года. Однако, однопартийная система полностью завершает своё оформление только после окончания Гражданской войны, некоторые меньшевистские и эсеровские фракции легально (иногда с перерывами) действуют вплоть до 1921 года.