Теории, связанные с восстанием

8 июля 1918 года официально было объявлено об аресте большевиками в разных городах 650 левых эсеров, из которых 200 человек, включая и Марию Спиридонову, якобы были расстреляны. Появляются также ошибочные сообщения о якобы расстреле Камкова Б. Д. (на самом деле погиб только в 1938 году), Саблина и т. д. На самом же деле большевики ограничились расстрелом активного участника событий, зампреда ВЧК левого эсера Александровича, и 12 левых эсеров из отряда ВЧК Попова. Лидер левых эсеров Мария Спиридонова была осуждена всего лишь на год лишения свободы, а непосредственные исполнители ликвидации графа Мирбаха, Андреев и Блюмкин — всего лишь к трём годам. В мае 1919 года Блюмкин «раскаялся», и даже был принят в Коммунистическую партию.

Такая мягкость выглядела тем более странной на фоне вскоре произошедшего подавления эсеровского восстания в Ярославле, где большевики не остановились перед расстрелами нескольких сотен человек. Эти обстоятельства позволили некоторым исследователям выдвинуть теорию, утверждающую, что мятеж якобы был инсценировкой самих большевиков. В частности, такую версию продвигает в своей работе «Вожди в законе» Фельштинский Ю. Г. С началом борьбы за власть внутри ВКП(б) в 20-х — 30-х годах основные лидеры партии начинают выдвигать разнообразные версии заговоров с целью дискредитации друг друга. Так, 11 декабря 1923 года Зиновьев, и 15 декабря Сталин заявили, что весной 1918 года возглавлявший фракцию «левых коммунистов» Бухарин якобы получил от левых эсеров предложение силой сместить Ленина, и якобы рассматривал вариант нового состава Совнаркома во главе с Пятаковым Г. Л. Зиновьев и Сталин обвинили Бухарина в том, что он не сообщил об этом предложении левых эсеров Ленину.

Непосредственно подавлявший мятеж левых эсеров Вацетис И. И., ещё со времён Гражданской войны недолюбливавший Троцкого, в 1935 году объявил мятеж его «инсценировкой». «Разоблачения» Вацетиса не продлили ему жизнь: в ноябре 1937 года он был арестован по обвинению в участии в так называемой «латышской фашистской шпионско-террористической организации в РККА», якобы виновной в подготовке «контрреволюционного переворота». В июле 1938 года расстрелян.

С другой стороны, по свидетельству Карла Радека, мягкость большевиков была связана с тем, что они «испугались» фанатизма левых эсеров. Положение большевиков в это время сильно осложнилось с началом мятежа Чехословацкого корпуса, и эсеро-белогвардейскими восстаниями в Ярославле, Муроме и Рыбинске. Согласно советской историографии, в Ярославле восставшими впервые в истории Гражданской войны была использована баржа смерти, на которую посадили 82 большевика.