В период арабского господства и крестовых походов

Арабское завоевание Египта (638 год) положило конец соперничеству греческих и монофизитских пап в Александрийской Церкви, поскольку греческий патриарх был вынужден бежать в Константинополь. Александрийский Папа Кир умер ещё до капитуляции Александрии (весной 642), а избранный его преемником Петр покинул Египет вместе с византийской армией и скончался в Константинополе около 654 года. После него преемство православных Александрийских Пап прервалось более чем на 70 лет.

Александрийская Церковь окончательно пришла в упадок и находилась в сильной церковной зависимости от Константинополя.

Только в 727 году на Александрийский папский престол при поддержке византийского императора Льва III был избран папа Косма I (727—767).

В 731 году при халифе Хишаме, православным Египта было позволено восстановить пост Александрийского Папы. Папа Косма, хотя и был в прошлом малограмотным ремесленником, сумел добиться у халифа возвращения православным многих церквей, захваченных коптами после ухода византийцев.

В тот период Александрийская Церковь переживала кризис, связанный с новой волной распространения монофелитства. Папа Косма I отрёкся от монофелитства на поместном соборе 743 году^[5].

Коптская Церковь во время арабского правления имела относительную свободу, в то время как греческая Церковь подвергалась гонениям, а также экономическому и социальному угнетению со стороны мусульманских властей, которые рассматривали мелькитов как провизантийскую партию. К XIII веку численность православного населения в Александрии составляла около 100 тысяч человек.

Во время Крестовых походов установились связи Александрийского папства с Римским. По просьбе Александрийского папы Николая I (ок. 1210—1218) Римский Папа Иннокентий III предпринял шаги для защиты христиан в Египте от преследований со стороны сарацин. Посланием Ex litteris quas от 29 апреля 1213 Иннокентий III пригласил Николая I на IV Латеранский собор, на котором Александрийскую Церковь представлял патриарший делегат диакон Герман. Вскоре, однако, связи Александрийского Церкви с Римом были прерваны, о чём свидетельствует возведение Крестоносцами на Александрийский папский престол первого латинского патриарха Афанасия Клермонского в 1219 году. Впрочем, ни он, ни его преемники так и не смогли обосноваться на Александрийском папском престоле и считались титулярными. Окончательно латинское Александрийское папство было упразднён в понтификат Папы Иоанна XXIII.

В 1439 году Александрийский папа Филофей присоединился к Флорентийской унии (Ферраро-Флорентийский собор).