В XV-XVI вв. вопрос о ветхозаветном каноне решался на Флорентийском и Тридентском соборах.

На Флорентийском соборе 1439 г. все ветхозаветные книги признаны богодухновенными и перечислены, причём неканонические книги признаны равными каноническим, за исключением Второй и Третьей книг Ездры и Третьей Маккавейской, которые как и прежде не входят в канон католической церкви, считаясь апокрифами.

Новые постановления о каноне были приняты в связи с Реформацией. Протестантское богословие, начиная с Лютера, называет неканонические книги «апокрифическими». При этом протестанты делают оговорку, что эти книги не должны входить в канон не потому, что они подложны, а потому, что история их происхождения несколько отличается от других канонических книг. Эти книги появились позже сформировавшегося еврейского канона и не были признаны официальными раввинистическими кругами ни во времена Ездры и Неемии, ни позднее во время Ямнийского собора конца I-начала II вв.

В противовес этому взгляду в католической церкви окончательно утвердилось учение о полном равенстве канонических и неканонических книг Ветхого Завета, которое ясно и определённо было выражено на Тридентском соборе (1545-1563 гг.).После Тридентского собора в Католической Церкви возникло учение о «протоканонических» (первоканонических) и «девтероканонических» (второканонических) книгах, признанное позднее всеми католическими богословами. Разделение ветхозаветных книг на книги первого и второго канона связано со временем их написания и вхождения в список священных книг. При этом и первоканонические и второканонические признаются богодухновенными.

Новое и новейшее время (ХVII-ХХ вв.).Этот период истории ветхозаветного канона связан со стремлением протестантских общин к диалогу с Восточной Церковью, который послужил поводом для обсуждения на соборах Восточной Церкви вопроса о каноне. Вопрос о границах канона обсуждался на четырёх православных соборах: Константинопольском 1638 г., Ясском 1642 г., Иерусалимском 1672 г. и Константинопольском 1672 г. На последнем соборе было сформулировано мнение о неканонических книгах как о «добрых и назидательных».

На соборах Русской Церкви вопрос о каноне специально не поднимался. В катехизисе свят. Филарета, митроп. Московского (1782/1783-1867 гт.), православная оценка каноничности и неканоничности книг Священного Писания основывается на оценке важности содержания данных книг. По отношению к священным книгам название «канонические» указывает на то, что они как написанные по откровению от Святого Духа, содержат в себе непреложную истину и потому в своём содержании представляют неизменные правила веры и нравственности. Наименование же книг «неканоническими» основывается на признании таких книг небогодухновенными. Поэтому неканоническими книгами Священного Писания можно назвать книги, которые, хотя написаны благочестивыми мужами, но небогодухновенны и потому не могут служить во всём своём содержании неизменным правилом веры и нравственности, и определениями Церкви не внесены в список священных богодухновенных книг.

Неканонические книги, во-первых, ценны как неисчерпаемый источник премудрости. Именно поэтому множество ветхозаветных паремий, читаемых за богослужением, взяты из неканонических книг Премудрости. Во-вторых, неканонические книги Премудрости содержат такие высокие нравственные критерии взаимоотношения человека с Богом и ближним, что они могут быть поставлены на один уровень с евангельскими заповедями (напр., Сир.7: 31-39; 8: 1-22).

Кроме этого, Православная Церковь в определении своего вероучения нередко опирается на неканонические книги Ветхого Завета наряду с каноническими. Например, вопрос о поминовении усопших напрямую зависит от текста неканонических книг (2 Мак.12: 43; Товит 4: 16; Сир.7: 36; 38: 23), или утверждение о сотворении мира из ничего (ex nihilo, 2 Мак.7: 28).

Так же неканонические книги — Маккавейские и 3 Ездр ы — являются источником исторических сведений об истории богоизбранного народа перед пришествием в мир Сына Божия. Христианские мученики первых веков вдохновлялись на подвиг примером мучеников Маккавейских, о которых повествует 2-я книга Маккавейская.

Апокрифы Ветхого Завета. Слово «апокриф» (ἀ π ό κ ρ ῠ φ ο ς [апó крифос] — «скрытый, сокровенный») употребляется в библеистике в 2-х значениях:

1) Протестанты так называют неканонические книги; 2) Православная Церковь, как и Католическая, называет так книги, которые никогда не считались ни каноническими, ни неканоническими. Часто апокрифы подписаны именами персонажей ветхозаветной истории, поэтому их можно назвать «псевдоэпиграфами», т. е. ложно подписанными.

Апокрифы по своему содержанию чаще всего являются книгами видений. Поскольку иудеи были убеждены, что период пророчества кончился, то авторы откровений и видений приписывали свои произведения древним патриархам или пророкам или объявляли себя людьми, которым дано объяснить истинный смысл тех мест Библии, которые, по их мнению, указывали на «конец дней». Периодом «конца дней», по мнению авторов, являлось время, в котором они жили. Большое значение в связи с этим придаётся в апокрифах вопросу о пришествии Мессии.

Наиболее крупные ветхозаветные апокрифы — это книга Еноха и книга Юбилеев. Первая из этих книг является эсхатологическим рассказом о том, что открылось Еноху на небесах, когда «Бог взял его» (Быт.5: 24). Во второй приводятся рассуждение о предопределённости всего сущего, изложенное в виде диалога между ангелом и Моисеем на горе Синай.

Так же очень известны «Заветы двенадцати патриархов» — предсмертные наставления, которые даёт своим детям каждый из сыновей Иакова. Во фрагменте 2: 6-5: 3 рассказывается о том, как Левий взошёл сквозь небеса к престолу Божьему и узнал тайны, которые он должен был объявить людям. Во время небесного путешествия Левия ангел отвечал на его вопросы об увиденном на небе.