Становище унійної Київської Церкви в період козацьких воєн.

Предстоятелем унійної Церкви після короткочасного архиєрейства Рафаїла (Корсака, 1637-1640) став Антоній (Селява, 1638-1655). На його долю випали нелегкі випробування, пов’язані з козацькою революцією під проводом Богдана Хмельницького. У 1655 р. Церкву очолив Гавриїл (Коленда), полоцький архиєпископ. В часі його правління тривав гострий внутрішній конфлікт між владикою і василіянами. Ченці намагалися обрати власного протоархимандрита, який був би незалежним від митрополита. Владика виступав виразно проти цього. Унійна ієрархія стосовно цього поділилася на два табори.

У 1674 р. новим унійним митрополитом став Кипріян (Жоховський) (1674-1693), з іменем якого пов’язане скликання Люблінського собору (т. зв. колоквіуму) 1680 р. В цей час королем був Ян III Собеський, прихильник унії. Унійна сторона була представлена на соборі митрополитом Жоховським та п’ятьма єпископами. Православна натомість – львівським єпископом Йосифом (Шумлянським) та унівським архимандритом Варлаамом (Шептицьким), які на той час таємно вже прийняли унію, а також прихильником унії Антонієм (Винницьким), перемишльським владикою. Крім цього був також присутній луцький православний владика Гедеон (Святополк-Четвертинський). Апостольський нунцій застеріг митрополита, щоби не дискутувати про справи догматичні, а розмовляти лише про умови унії. Православні натомість погодилися приймати відповідні рішення тільки за згодою царгородського патріарха. Тим часом король з огляду на політичні причини відкликав скликаний вже собор. Перед тим як лист наспів до Любліна унійні та православні владики відслужили спільну літургію і зустрілися на спільному обіді. Однак на цьому собор закінчив свою роботу. Чергова спроба унійного порозуміння не вдался.

Митрополит Жоховський відомий також з реформ Василіянського чину. За його життя було проведено п’ять генеральних капітул. Було прийнято рішення, що уряд митрополита і протоархимандрита василіян не будуть поєднані в одній особі як було в основному дотепер. Першим незалежним архимандритом був обраний Пахомій (Огілевич). Митрополит прийняв зобов’язання не втручатися в справи Чину. Однак його повторне бажання стати протоархимандритом спричинилося в 1683-1686 рр. до конфлікту між митрополичою і василіянською владою. Василіяни звернулися безпосережньо до Риму. Врешті у 1686 р. відбулася генеральна капітула василіян в Новогородку, на якій були прийняті наступні постанови: 1) Протоархимандритом не може бути митрополит, а інший представник Чину, обраний терміном на чотири роки; 2) Митрополит отримав право призначати ігуменів до окремих монастирів; 3) Митрополит мав право призначати василіян на важливіші посади для допомоги митрополитові та єпископам; 4) Було затверджено нову редакцію конституцій Чину.