Основные правовые позиции, сложившиеся в ходе применения Европейским Судом по правам человека конвенционного положения, гарантирующего свободу мысли, совести, религии (статья 9).

По мнению Европейского Суда по правам человека, данное право — одна из основ демократического общества по смыслу Конвенции. Право на свободу мысли, совести и религии по Европейской конвенции гарантируется без каких-либо квалификаций. Ограничения могут накладываться только в отношении выражения или, согласно тексту п. 2 ст. 9, исповедания «религии или убеждений».
Абсолютная по своему смыслу свобода мысли и мнения имеет определенные практические последствия. Безусловно, что мысли, если они никак не выражены вовне, недоступны ни для кого, кроме их обладателя. В то же время убеждения дороги лицу постольку, поскольку оно может их выразить. Свобода мысли подразумевает также, что никто не может подвергаться воздействию, имеющему цель изменить процесс мышления. Одновременно запрещается давление на лицо с тем, чтобы он выразил свои мысли, изменил мнение или разгласил свои религиозные убеждения. Запрещается также наказывать за обладание каким бы то ни было мнением или за изменение религии или убеждений. К примеру, запрет кому-либо на осуществление определенной профессии исключительно по причине обладания какими-либо политическими или философскими воззрениями должен рассматриваться в свете положений ст. 9. Существующая в отдельных государствах процедура обязательного голосования не рассматривается в Страсбурге как противоречащая требованиям ст. 9, так как речь идет прежде всего об обязанности прибыть на избирательный участок, а не об обязанности именно голосовать.
В ст. 9 речь идет о свободе «исповедовать свою религию или убеждения». Она не закрепляет общего правила о свободе выражения, которое является предметом регулирования ст. 10 Конвенции. Вместе с тем Европейская Комиссия достаточно широко трактовала слова «религию или убеждения» в том смысле, что они охватывают любые убеждения.
В то же время Европейская Комиссия заняла более строгую позицию по вопросу о толковании термина «исповедовать». По мнению Комиссии, не всякий процесс исповедования, даже если он выполняется под влиянием убеждения, вписывается в рамки гарантии, предоставленной ст. 9. Такой процесс должен «реально выражать соответствующее убеждение». Благодаря тому, что в данном случае ст. 10 играет роль дополнения, каких-либо проблем с толкованием терминологии ст. 9 не возникает.
Что касается пользования свободой убеждений, то как во внутреннем, так и в страсбургском прецедентном праве возникает проблема отказа от несения воинской службы на основании вероисповедания. В данном случае Комиссия постановила, что Конвенция не закрепляет обязательства со стороны государств освобождать от обязательной военной службы лиц, имеющих соответствующее вероисповедание. При этом она ссылалась на положение пп. (b) п. 3 ст. 4, где речь идет о «странах, в которых в качестве законного признается отказ от военной службы на основании вероисповедания.
Следует заметить, что свобода религии подразумевает также свободу не участвовать в религиозных обрядах и богослужениях. Наложение подобной обязанности на такие категории лиц, как учащиеся в школах, солдаты в казармах, пациенты в больницах или заключенные в местах лишения свободы, не будет соответствовать обязательствам государств по ст. 9. Попытка оправдать такую обязанность для этих лиц на основании «защиты… нравственности», как представляется, будет явно противоречить духу ст. 9.
Если взглянуть на прецедентное право Европейской Комиссии по вопросу о применении ст. 9 в отношении лиц, лишенных свободы, то можно констатировать, что Комиссия проявила склонность трактовать ограничения права этой группы лиц на свободу исповедовать религию или убеждения как неотъемлемую составляющую положения заключенных (и, следовательно, не противоречащие ст. 9, либо как оправданные по п. 2 ст. 9). Безусловно, ст. 9 не накладывает на государства–участников Конвенции обязательства предоставлять заключенным за государственный счет книги, необходимые для того, чтобы исповедовать религию или духовно и философски развиваться, равно как и предоставлять заключенным священника той религии, которая не является наиболее распространенной в соответствующей стране. Вместе с тем, если такая литература пересылается заключенным, а священник подобной религии сам посещает места заключения, государства не должны этому чинить препятствия.
В связи с двумя жалобами, полученными в свое время Европейской Комиссией от церквей в отношении возможного нарушения ст. 9, Комиссия постановила, что церковь, «будучи юридическим, а не физическим лицом, не может пользоваться правами, гарантируемыми п. 1 ст. 9», и, следовательно, на этом основании не может приписывать себе статус жертвы нарушения указанной статьи. Надо сказать, что данная позиция Комиссии потом подвергалась достаточно резкой критике на основании того, что вся деятельность церкви основана на свободе религии. К тому же право на индивидуальную петицию распространяется как на частных лиц, так и на группы лиц и неправительственные организации. Позже, в 1979 г., Комиссия пересмотрела свою точку зрения по данному вопросу, подчеркнув, что при подаче жалобы по ст. 9 церковь действует от имени составляющих ее частных лиц.
Гарантируемые по ст. 9 права не входят в число тех, от которых государства не могут отступать в случае «войны или иного чрезвычайного положения». Иное положение устанавливается согласно ст. 4 Международного пакта о гражданских и политических правах, закрепившей аналогичные права. По Пакту отступление от обязательств по ст. 4 недопустимо ни при каких обстоятельствах. Следовательно, для государств–участников сразу двух упомянутых международных договоров необходимо учитывать требования как Конвенции, так и Пакта.