ІІІ. Протеиндер құрылымының ұйымдасуы және қасиеттері.

Бір-бірімен пептидтік байланыспен қ осылғ ан АҚ қ алдық тарының кезектескен реті протеин молекуласы қ ұ рылымдық ұ йымдасуының бірінші реттік қ ұ рылымы деп аталады. Ол ә рбір протеиннің ө зіндік қ ұ рылымдық ұ йымы ө зінің арнайы гені бойынша кодталғ ан.

Молекула бойында қ айта қ айталанатын -NH-CH(R)-CO- тобының тізбегі пептидтік негіз деп аталады. Полипептидтік тізбек қ аншалық ты ұ зындық та болғ анына қ арамастан, қ ашан да оның негізінде барлық протеиндер де абсолютті бірдей болатын молекулалық білік болады. АҚ қ алдық тың бос альфа-аминотобы -N-соң ы, ал альфа-карбоксилді тобы -С-соң ы деп аталады. Протеиндік тұ лғ а осы альфа-топтардың ө зара ә серлесуінен ұ зын білік тә різдес қ алыптасады. Бұ л білікте АҚ -дың радикалдары бү йірлік «бұ тақ тар» тә різдес орнығ ады. Бұ л радикалдардың саны, мө лшерінің қ атынасы, кезектесіп келуі реті бойынша бір протеин келесі протеиннен айырмашылық та болады.

Екінші реттік қ ұ рылым – бұ л полипептид молекуласы тізбегінің кең істікте ық шамдалып ұ йымдасқ андағ ы конформациясы болып табылады, ол тізбектегі ә ртү рлі аминоқ ышқ ылдардағ ы -С=О жә не –N-Н арасында сутектік байланыстар тү зілуі арқ ылы қ алыптасады. Екінші реттік қ ұ рылым ық шамдалуында 3 негізгі кофигурация кездеседі:

1. Альфа-спираль – ә ртү рлі формалар бойынша: – спиральдердің екі оралымы арасындағ ы белгілі бір қ ашық тық, спиральдер кө лемінің белгілі бір кең дігі бойынша ерекшеленіп сипатталады. Протеиндерге оң бағ ытта оратылғ ан спираль тә н. Бұ л спиральдерде 10 оралымғ а 36 АҚ қ алдығ ынан келеді. Мұ ндай спиральдерге жинақ талғ ан барлық пептидтерде ол абсолютті бірдей болады. Альфа-спираль бір орамдағ ы АҚ -ның - N-Н тобы мен екінші орамдағ ы басқ а АҚ -дағ ы - С=О топтары арасындағ ы сутектік байланыс арқ ылы бекиді. Бұ л сутектік байланыстар спираль осьінің бойына паралельді орналасқ ан жә не кө п рет қ айталанады. Сондық тан, спираль тә різді қ ұ рылым мық ты ұ сталынады.

3. Ретсіз қ ұ рылымдар (синонимдері: ретсіз шумақ тар, аморфтық аймақ тар) – бұ л полипептидтік тізбектегі ә ртү рлі бө ліктердің бір-бірімен салыстырмалы тү рде орналасуы ретсіз (тұ рақ ты емес) сипатта болатын екінші реттік қ ұ рылымның қ андай да бір шумақ тық конфигурациясы. Ретсіз қ ұ рылымдар ә ртү рлі конформацияда кездеседі.

Ә ртү рлі протеиндердегі альфа-спираль мен бета-қ ұ рылымның сандық мө лшерлері ә ртү рлі: фибриллалық протеиндерде, негізінен, тек альфа-спираль немесе тек бета-қ атпарлы қ ұ рылым, ал глобулалық протеиндерде – полипептидтік тізбектің кейбір фрагменттерінде альфа-спираль, бета-қ атпарлы қ ұ рылым, ретсіз шумақ тар кездеседі. Бір протеинде полипептидтік тізбектің барлық ү ш ық шамдалу тә сілдері бірдей кездесуі де мү мкін.